С возникновения института его архитектурному отделу отводилась особая роль. Сверхзадача архитектуры состояла в придании техническому транспортному средству образности и метафорической выразительности.
Человек обуздывал стихию, облачая её в новые формы не только на земле, но и под ней, демонстрируя безграничные возможности интеллекта и таланта, расцветающих в стране Советов.
Над станциями московского метро работали такие выдающиеся архитекторы, как Алексей Николаевич Душкин, Иван Александрович Фомин, главный архитектор города в годы войны Дмитрий Николаевич Чечулин и другие.
В архитектурном отделе Метрогипротранса, возглавляемом Л.Л. Борзенковым, сегодня действуют три архитектурные мастерские. В работе Третий пересадочный контур, Калининско-Солнцевская линия. Все мастерские работают над преображением наземных железнодорожных вокзалов.
Сфера деятельности инженеров и конструкторов Метрогипротранса постоянно расширяется в связи с новыми стандартами и требованиями к современным транспортным системам. Интенсивность движения и пассажиропоток в московском метро значительно больше, чем в городах Европы. Появляются новые средства коммуникации, навигации, оптимизации движения поездов. Появляются новые типы подвижного состава, что тоже изменяет технологические требования. Ежедневная практика Метрогипротранса связана с решением нестандартных ситуаций. Специфика сложных транспортных объектов — на земле или под землёй — заключается в наличии многих факторов, влияющих на результат проектирования. Другим нестандартным полем деятельности для Метрогипротранса за последние годы стало проектирование транспортных хабов и терминалов.
Отдел трассы Метрогипротранс начинает свою работу в самом начале проектирования, и эта работа носит стратегический характер. Совместно с архитектурно-градостроительными институтами трассировщики разрабатывают техническое обоснование для прокладки линии: анализируют градостроительную ситуацию и начинают просчёт и разработку вариантов — как направить линии, минимально затронув городскую застройку. Объёмно-планировочные решения же обеспечиваются инженерно-геодезическими изысканиями. Инженерно-геологические исследования лежат в снове каждого проекта. Невозможно начать проектирование, не имея сведений об инженерно-геологическом строении грунтового массива, по которому будет проходить будущий тоннель. Для определения свойств грунтов и химического состава подземных вод Метрогипротранс имеет в своём составе аккредитованную грунтово-химическую лабораторию. Для комплексной оценки массива и выявления опасных геологических процессов и явлений в Метрогипротрансе имеется различное геофизическое оборудование (сейсморазведочное, электроразведочное) и специализированное программное обеспечение.
Электротехнический отдел принимает участие в разработке практически всех объектов, которыми занимается Метрогипротранс, это новые линии метрополитена, реконструкция существующих станций, автодорожные тоннели, пешеходные переходы и т. д. Отдел выполняет все разделы проектов в части электроснабжения различных устройств, таких как высоковольтная и тяговая сеть, подстанции тяговые, понизительные и тягово-понизительные, электроосвещение, силовая сеть, автоматика и телемеханика подстанций и тяговой сети, телемеханика эскалаторов, автоматика и телемеханика электромеханических установок, раскладка кабелей по строящимся и действующим линиям.
Отдел автоматики, телемеханики и связи обеспечивает безопасность движения поездов, заданную пропускную способность, интервальное регулирование и разнообразные виды связи, как проводные, так и волоконно-оптические, видеонаблюдение, оснащение колонн экстренного вызова, автоматическую систему оплаты проезда, поездную радиосвязь, а также передачу данных по волоконно-оптическим сетям со станций в Инженерный корпус метрополитена.
Отдел сантехнических систем занимается проектированием систем водоотведения, водоснабжения, отопления, вентиляции, кондиционирования воздуха, теплоснабжения, противодымной защиты сооружений, наружных сетей — без которых невозможно представить современный метрополитен.
Задача Метрогипротранс — обеспечить комфортное пребывание людей в метрополитене не только в пассажирских зонах, но также в служебных и технологических помещениях для всего обслуживающего персонала. Сотрудники отдела теплосантехнических систем внедряют в проектную документацию станционных комплексов все более современные конструктивно-технические решения, инновационные материалы, меняющие в корне подходы к вопросам инженерных решений подземных сооружений.
Метрогипротранс проектирует не только сооружения и устройства метрополитенов, но и автодорожные тоннели, наземные и подземные сооружения различного назначения, аэропорты, железнодорожные вокзалы, общественные, административные и офисные здания.
Отдел комплексного проектирования занимается разработкой проектной документации на строительные конструкции постоянных и временных сооружений метрополитена, а также подземных сооружений, обеспечивающих строительство, разрабатывает логистику и меры безопасности как строителей, так и окружающей среды. Раздел организации строительства включает также обеспечение комфортных условий работы в подземных выработках, их вентиляцию и водоотведение, противопожарные мероприятия, организацию вывоза грунта. Постоянное освоение новых технологий позволяет оптимизировать проектную структуру института. К вопросам комплексного проектирования относится и приспособление метро для использования в чрезвычайных ситуациях. Например, в проекты закладываются специальные устройства для защиты от затопления на случай мощных ливней или прорыва магистрального водопровода.
Институт Метрогипротранс обладает обширнейшим опытом, школой и репутацией, сложившимися на протяжении многих десятилетий. Конкурентное преимущество, позволяющее говорить о Метрогипротрансе как о лидере отрасли, обеспеченого универсальностью проектной структуры. Институт разрабатывает транспортные объекты комплексно, начиная с геодезических исследований и заканчивая рабочей документацией по всем проектным разделам и каждому элементу.
Метрогипротранс оказывает услуги по согласованию проектной документация на изыскание, строительство, реконструкцию и капитальный ремонт объектов, расположенных в зоне действующих линий метрополитена, включая проекты организации строительства и проекты производства работ. Институт объединяет тысячи специалистов разных уровней.